Назва «Коліївщина» можливо бере свій початок від польських слів «kolej», «po kolej», «kolejno», що означали несення надвірної козацької служби при магнатських помістях — «slużba kolejna». Тобто Коліївщина — це повстання надвірних козаків.
За іншою версією, яка частіше зустрічається в літературі, Коліївщина походить від слова «колій», яким в українських селах і донині називають людей, відповідальних за забиття скотини (свиней, корів, кіз, коней та ін.), які вміють робити це найбільш професійно і безболісно. Характерною особливістю роботи колія було освячення ножа і просіння вибачення у тієї істоти, яку він збирався зарізати, що робило акцент на тому, щоб він зробив свою роботу професійно і завдав якомога менше болю живій істоті, яку збирається зарізати. Процедура освячення ножів згадується у Тараса Шевченка. Це вказує на те, що гайдамаки обґрунтовували свої дії як роботу для звільнення України від тих, кого вони вважали загарбниками і пригноблювачами, уособленням ворожої їм кріпосницької системи — великих землевласників, управителів маєтків і їхніх прибічників (більшість з яких в ті часи були поляками і євреями).
Висунута у радянські часи версія про начебто походження назви повстання від слів «кол» або «колоти», швидше за все, не відповідає дійсності, оскільки, згідно з правилами словоутворення української мови, назва повстання в цьому випадку мала б виглядати Колщина, Кілщина або Коловщина. В російській мові слово «колій» відсутнє.
